南通科技職業學院的前身系重慶國立高級農業職業學校，一九四五年二月，在戰區第一勞動農場基礎上籌建“國立高級農業職業學?！?簡稱“國立高農”) ，隸屬國民黨中央教育部，校部設于重慶市江北楊家花園。 一九四五年十月開始招生辦學?？箲饎倮?，一九四六年八月，學校東遷南通，租用南通市南門外松樹路朱公館及惠潮會館 ( 今供電局內 ) 一百余間房舍作臨時校舍。

一九四七年元旦，學校更名為“國立南通高級農業職業學?！?。不久，遷往三里墩張氏義圓 ( 現南通大學鐘秀校區 ) 辦學。一九四九年一月，遷往上海滬西金司徒廟和高橋。七月，回南通市三里墩校址復課。 一九四九年十月，學校改稱“蘇北南通農業學?！?。一九五一年七月遷往南通狼山腳下辦學，一九五三年十月份學校改名為“江蘇省南通農業學?！?。一九五八年七月，學校增掛南通農業?？茖W校校牌，并在如皋薛窯地區增設南通農業學校永平分校。 一九五九年南通農校和南通農業?？茖W校遷往如皋薛窯與永平分校合一。

一九六二年十月，學校改為南通專區農業干校，一九六五年復辦江蘇省南通農業學校。一九七五年四月，經江蘇省革委會批準成立  南通地區五七農業大學  。 實行南通地區五七農業大學、農科所、農機站、糧棉原種場、種豬場五位一體的領導機制。一九七九年四月，學校正式恢復“江蘇省南通農業學?！?。 一九九0年八月，學校自如皋薛窯遷至南通市青年東路。一九九二年學校通過國家農業部合格評估，一九九八年順利進入省部級重點中專行列，二○○○年首批成為國家級重點。二○○三年七月學校獨立升格為“南通農業職業技術學院”。二○一四年十月，經江蘇省人民政府批準和教育部備案，學校更名為南通科技職業學院。